La structure du SER et de ses différents organes est définie par les statuts. Les principaux organes sont:
• l'Assemblée des Délégué·es (AD) ;
• le Comité (CoSER) ;
• le Congrès ;
L'assemblée des délégué·es
Le pouvoir législatif du SER est assumé par l'assemblée des délégué·es formée par des représentant·es des associations cantonales et de la section SER, proportionnellement à leur nombre de membres.
L'AD ordinaire se réunit une fois par année, depuis 2019, au printemps dans le canton du/de la président·e de l'AD.
Elle a de nombreuses compétences, dont:
- elle veille à la mise en oeuvre des orientations pédagogiques et syndicales déterminées par le Congrès ;
- elle adopte les statuts et les règlements et veille à leur application
- elle élit le·la président·e ;
- elle approuve la planification financière, le budget et les comptes annuels ; elle en donne décharge au CoSER ;
- elle décide de l’affiliation du SER à des organisations qui poursuivent des buts analogues ;
- elle vote des résolutions ;
Le comité du SER (CoSER)
Le pouvoir exécutif quant à lui est dévolu à la conférence des présidents d'associations cantonales (ou de leurs représentants), appelée comité du SER ou CoSER. Cette instance tient une dizaine de réunions par année et pilote le SER, ses commissions et ses groupes de travail, ses manifestations et ses actions. Il assume également au titre d'éditeur, la parution de la revue Educateur. Le Bureau du CoSER (BuCoSER) gère les affaires courantes. Ses membres représentent aussi le SER dans diverses commissions ou manifestations.
Le Congrès
Le Congrès se réunit en principe tous les 4 ans. Le 43e Congrès s'est tenu à Fribourg en mai 2018. Il détermine les orientations pédagogiques et syndicales du SER.